En PHP, lorsque l'on charge une image PNG (et c'est sans doute le cas aussi avec le GIF), on se découvre rapidement qu'elle perd sa transparence qui est remplacée par du noir.

Une solution rapide est de remplacer ce noir par de la transparence.
Ce qui donne comme code :

$img = @imagecreatefrompng($fichier);
$fond_noir = imagecolorallocate(img, 0, 0, 0);
imagecolortransparent(img, $fond_noir);

L'inconvénient étant qu'on perd toute la puissance des alpha channel du PNG et on se retrouve alors avec une transparence en tout ou rien à la GIF ou comme sous M$IE.

Pour le moment, je n'ai pas encore trouvé le moyen de concerver les vrais alpha channel ...